Çölyak hastalığı için mevcut tek tedavi, ömür boyu glutensiz bir diyettir. Diyete uyum arttıkça, emilim bozukluğu, beslenme eksiklikleri ve semptomlar geriler ve bireyin yaşam kalitesi artarak hayatına devam etmesi sağlanır. Bağırsak harabiyeti 6-24 ay içerisinde geçer ve diyete başladıktan sonra genelde 1 yıl içerisinde serum antikor seviyeleri normale döner. Doktor ve diyetisyen ile medikal destek, kişiye özgü diyet yaklaşımı ve bireyin yaşam düzenini de göz önünde bulundurarak bireye özgü öneriler verilmesi oldukça önemlidir. İyi bir diyet uyumu sağlandıktan sonra, hastalıkla ilgili komplikasyon riski azalır.